Ndayizeye on hutu (hänen edeltäjänsä oli tutsi). Hänellä oli vaikeuksia pysyä hyvissä väleissä tutsien johtaman armeijan kanssa ja taivutella hutukapinallisisia luopumaan aseista.[1]
Ndayizeye on kotoisin Kayanzasta, maan pohjoisosasta. Hän lähti maanpakoon Belgiaan vuonna 1972, ja liittyi siellä maanpaossa olevien hutujen ryhmittymään ja aktivoitui poliittisesti. Vuonna 1981 hän muutti Ruandaan ja vuonna 1993 palasi kotimaahansa Burundiin, jossa hutu-puolue Frodebu oli voittanut ensimmäiset monipuoluevaalit.[1]