Vuonna 1525 Almagro lähti Pizarron veljesten kanssa tutkimaan ja ryöstämään Perun aluetta. Matka epäonnistui täysin, ja Almagro menetti toisen silmänsä. Tyytymättömänä siihen, miten Pizarro sai hyvän aseman Perussa, sai hän luvan lähteä valloittamaan alueita Perusta etelään. Hän ylitti vuonna 1535Andit ja kulki joukkoineen Aconcagua-joelle asti, mistä kääntyi takaisin kohdattuaan vihamielisiä intiaaneja. Hän palasi raskaan reitin Atacaman autiomaan läpi ja jäi ilman toivomiaan rikkauksia ja valloituksia.[3][4]
Almagro surmattiin vuonna 1538 Chilen eurooppalaisten välisessä sisällissodassa hänen yritettyään kaapata valtaa ja rikkauksia Pizarrolta.[2][4] Vastaavasti Almagrolle uskolliset miehet surmasivat Pizarron vuonna 1541.
