Vuonna 44 eaa. hän seurasi Octavianusta Roomaan ja jatkoi hänen neuvonantajanaan toimimista siellä. Hänen kerrotaan nuhdelleen keisaria avoimesti, ja neuvoneen tätä luettelemaan mielessään aakkoset aina suuttuessaan ennen kuin tekee mitään hätiköityä. Myöhemmin Athenodoros palasi Tarsokseen. Siellä hän osallistui Boëthuksen hallinnon karkottamiseen ja kaupungin uuden perustuslain muotoiluun. Lopputuloksena oli roomalaisia suosiva oligarkia.
Athenodoroksen kuoleman jälkeen tarsoslaiset viettivät vuosittaista uhrijuhlaa hänen kunniakseen.
Teokset
Muun muassa Strabon, Cicero ja Eusebius ovat osoittaneet teoksissaan kunnioitustaan Anthenodorokselle. Hänen nimiinsä on laitettu seuraavanlaisia teoksia:
Teos nimeltä περί σπουδη̃ς και παιδείας ("Innosta ja nuoruudesta")
Teos nimeltä περίπατοι ("Esitelmiä")
Yksikään näistä teoksista ei ole säilynyt. Hän auttoi myös Ciceroa tämän kirjoittaessa teostaan De Officiis. On myös esitetty, että hänen teoksensa olisivat vaikuttaneet Senecaan ja apostoli Paavaliin.
