Keisarina ollessaan Arcadius oli pretoriaaniprefektiRufinuksen vallan alla. Samalla tavalla Länsi-Roomassa hallitsi todellisuudessa magister militumStilicho. Eräiden lähteiden mukaan Stilicholla oli kumpikin keisari vallassaan ja että hän antoi murhata Rufinuksen vuonna 395. Arcadiuksen uusi neuvonantaja Eutropius otti kuitenkin todellisen vallan käsiinsä. Arcadiuksen vaimolla Aelia Eudoxialla oli myös voimakas vaikutusvalta mieheensä ja hän saikin Eutropiuksen erotettua vuonna 399. Eudoxiaa vastusti puolestaan Konstantinopolin patriarkkaJohannes Krysostomos. Eudoxia sai Krysostomoksen erotettua vuonna 404, mutta hän itse kuoli myöhemmin samana vuonna.
Lopun hallituskaudestaan Arcadius oli uuden pretoriaaniprefektin Anthemiuksen vallan alla. Kun Arcadius kuoli vuonna 408, tuli hänen vanhimmasta pojastaan Theodosius II:sta keisari.