Johann Sebastian ja Anna Magdalena avioituivat 3. joulukuuta1721Köthenissä, seitsemäntoista kuukautta sen jälkeen kun Bachin ensimmäinen vaimo Maria Barbara oli kuollut. He saivat yhdessä kolmetoista lasta, joista seitsemän kuoli lapsena. Muiden muassa säveltäjät Johann Christian Bach ja Johann Christoph Friedrich Bach ovat Anna Magdalenan lapsia. Johann Sebastian omisti useita teoksiaan Anna Magdalenalle, erityisesti kaksi kokoelmaa nimeltä Notenbüchlein für Anna Magdalena Bach (Anna Magdalena Bachin nuottikirjanen). Anna Magdalena auttoi miestään hänen työssään teosten puhtaaksikirjoituksessa, ja hänen käsin jäljentämiään nuotteja on säilynyt paljon.