Amudarja (tadžikiksiОмударё tai дарёи Ому, Omudarjo tai darjoi Omu; turkmeeniksiAmyderýa;pers.آمودریا, Âmudaryâ; uzb.Amudaryo), antiikinOksos (m.kreik.Ὤξος, Ōksos, lat.Oxus),[1] on Keski-Aasian pisin joki. Amudarja muodostuu kahden latvajoen, Vahšin ja Pandžin yhtymisestä ja on näin mitaten 1 415 kilometrin pituinen, mutta Pandžin lähteiltä mitaten 2 540 kilometriä. Joki on purjehduskelpoinen 1 450 kilometrin matkalta alajuoksultaan.
Amudarjan veden käyttö keinokasteluun on tärkeimpiä syitä Araljärven kuivumiselle. Joki ei saavuttanut Araljärveä vuosina 2008–2009 ollenkaan, vaan se kuivui autiomaahan. Vuonna 2010 Amudarjan vesistön alueella ollut kuivuus hellitti ja lumipeite joen alkulähteillä Pamir-vuoristossa oli normaali. Amudarjaan virtasi riittävästi vettä, jotta virtaama saavutti Araljärven, jonka seurauksena järven itäinen osa kasvoi huomattavasti suuremmaksi, kuin se oli ollut vuonna 2009.[2]