Pétion kuului Port-au-Princen vapaisiin värillisiin, koska oli mulattiäidin ja vauraan ranskalaisen isän lapsi. Hän liittyi nuorena Ranskan siirtomaa-armeijaan ja nousi kapteeniksi,[2] mutta liittyi kapinallisiin yhtenä ensimmäisistä upseereista. Vuonna 1806 hän johti kapinaa Jean-Jacques Dessalinesia vastaan. Dessalenisin kuoleman jälkeen Henri Christophe perusti valtion Haitin pohjoisosaan, ja Petion valittiin eteläosan presidentiksi 1807. Hänet valittiin uudelleen 1811 ja nimitettiin elinikäiseksi presidentiksi 1816.[1]
Ranskalaisen liberalismin innoittamana Pétion jakoi suuret plantaasit pieniksi maatiloiksi sotilailleen. Nämä tyytyivät omavaraisviljelyyn, ja kansantuote laski.[1]