Magnard meni vuonna 1896 naimisiin Julie Cretonin kanssa. Hän oli samoihin aikoihin jo viimeistelemässä kolmatta sinfoniaansa. Säveltäjä alkoi kuitenkin kärsiä kuulo-ongelmista.
Magnardin uskotaan kuolleen ensimmäisessä maailmansodassa sattuneessa tulituksessa, vaikka hänen ruumistaan ei koskaan löydetty. Joka tapauksessa hänen julkaisemattomia teoksiaan, kuten oopperaYolande sekä uudempi laulusarja tuhoutuivat.
Magnard tunnetaan sinfonioidensa ohella muun muassa oopperoistaan ja kamarimusiikistaan.