Aguilar pelasi kesään 2005 saakka kotimaansa Deportivo Calissa. Vuodet 2005–2010 hänellä oli sopimus italialaisen Udinesen kanssa, mutta hän kävi myös lainalla italialaisessa Ascolissa (2005) sekä espanjalaisissa Xerezissä (2007–2008), Hérculesissa (2008–2009) ja Real Zaragozassa (2009–2010). Vuonna 2010 hän siirtyi Hérculesiin, josta hän oli kauden 2012–2013 lainalla Deportivo de La Coruñassa. Elokuusta 2013 tammikuuhun 2016 Aguilar edusti ranskalaista Toulousea ja kevätkauden 2016 portugalilaista Belenensesiä. Sittemmin hän edusti kotimaassaan Deportivo Calia ja Unión Magdalenaa sekä välillä Yhdysvalloissa MLS-seura FC Dallasta. Hän lopetti pelaajauransa vuoden 2019 lopulla.[1]
Aguilar pelasi Italian Serie A:ssa kaksi ottelua, Espanjan La Ligassa 89 ottelua, joissa hän teki seitsemän maalia, Ranskan Ligue 1:ssä 49 ottelua, joissa hän teki yhden maalin, ja Portugalin Primeira Ligassa yhdeksän ottelua, joissa hän teki yhden maalin.[1]
Aguilar pelasi alle 23-vuotiaiden MM-kilpailuissa seitsemän ottelua vuonna 2003, jolloin Kolumbia saavutti pronssia, ja neljä ottelua vuonna 2005, jolloin Kolumbia jäi neljännesvälieriin. Hän teki maalin vuoden 2003 MM-kisojen alkulohko-ottelussa Japania vastaan.[1]
