1. FC Magdeburg perustettiin vuonna 1965, jolloin SC Magdeburg perusti jalkapallolle oman seuran. Vuotta aiemmin SC Magdeburg oli voittanut FDGB-Pokalin, jonka se voitti uudestaan myös seuraavana vuonna. Seuran valmentajan, Heinz Krügelin, johdolla seura voitti Cup-voittajien cupin vuonna 1974, jolloin se kaatoi loppuottelussa AC Milanin. Vuosikymmenen aikana seura onnistui myös voittamaan kolme kertaa Itä-Saksan mestaruuden.[1] Tämän jälkeen seura ei saavuttanut enää suurta menestystä vaan kotimaan sarjoja hallitsi maan johdon avustuksella Berliner FC Dynamo. Saksojen yhdistymisen jälkeen seura pelasi pitkään lähinnä Fußball-Oberliga Nordostissa ja Regionalligassa.[2] Kaudet 2015–2018 se pelasi kolmannella sarjatasolla ja pelasi kaudella 2018–2019 jo 2. Bundesliigassa, josta se putosi jäätyään 31 pisteellä viimeistä edelliseksi pitäen takanaan vain MSV Duisburgin[3].
