یونکرس یو ۹۰ همزمان با بمبافکن یو ۸۹ طراحی شد و از همان بالها، ساختار دُم و ارابه فرود استفاده میکرد. هواگرد ترابری تجاری با چهلنفره یو ۹۰ کارآزمایی خود را از ۲۸ اوت سال ۱۹۳۷ آغاز نمود. پیشنمونه یو ۹۰فاو-۱ چند رکورد از خود برجای گذاشت اما دچار چندین مشکلات فنی بود و هنگام یک پرواز آزمایشی از بین رفت. یو ۹۰ هیچگاه به عنوان هواپیمای مسافربری وارد خدمت نشد. با این حال، هفت فروند از هواگردهای تولید شده با عنوان یو ۹۰ب-۱ در اختیار لوفتوافه قرار گرفت و تا سال ۱۹۴۳ در وظایف ترابری خدمت کرد.