دانشگاه در سال ۱۳۶۵ هجری خورشیدی با تلاش و پیگیری سرپرست سازمان منطقه‌ای بهداشت و درمان استان مرکزی و نمایندهٔ مردم وقت اراک در مجلس شورای اسلامی و مساعدت مقامات وقت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، مجوز تأسیس دانشکدهٔ پزشکی اراک اخذ و در بهمن‌ماه سال ۱۳۶۶ هجری خورشیدی دانشکدهٔ علوم پزشکی با تجمع دانشکدهٔ پزشکی و آموزشکدهٔ پرستاری و مامایی با پشتیبانی علمی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی و با پذیرش ۶۰ دانشجو در رشتهٔ پزشکی در ساختمان استیجاری آغاز به فعالیت نمود و از سال ۱۳۶۷ ه.خ مستقل گردید؛ در سال ۱۳۶۹ ه.خ به دانشگاه علوم پزشکی تبدیل شد که در سال ۱۳۷۳ ه.خ با ادغام سازمان منطقه‌ای بهداشت و درمان، مسئول ارائهٔ خدمات بهداشتی-درمانی در استان شد و به نام دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی-درمانی اراک تغییرنام یافت.
اکنون دانشگاه دارای ۶ معاونت بهداشت، توسعهٔ مدیریت و منابع، غذا و دارو، آموزش و تحقیقات، درمان و دانشجویی فرهنگی، ۹ شبکهٔ بهداشت و درمان شهرستان، ۱۰ مرکز بهداشت شهرستان و یک مرکز بهداشت استان می‌باشد.[۲]دانشکدهٔ علوم پزشکی ساوه در بهمن‌ماه ۱۳۹۳ از دانشگاه علوم پزشکی اراک انتزاع و به عنوان یک دانشکدهٔ مستقل فعالیت می‌کند.
در تیرماه سال ۱۴۰۰ مجوز تأسیس دانشکدهٔ داروسازی دانشگاه علوم پزشکی اراک از سوی وزارت‌خانه صادر شد و دانشگاه نسبت به جذب اعضای هیئت‌علمی آن اقدام نمود[۳] اما وزارت بهداشت با هدف عدم افزایش شمار داروسازان در ایران به‌منظور حفظ درآمد و فرصت‌های شغلی این قشر، مجوز پذیرش دانشجویان ایرانی را در رشتهٔ داروسازی به دانشگاه علوم پزشکی اراک نداده‌است و تنها دانشجویان خارجی حق تحصیل در این دانشکده را دارند.[۳][۴][۵]
دانشکده‌ها
دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی-درمانی استان مرکزی اکنون دارای ۷ دانشکده در اراک و یک دانشکده در شازند است.[۲]
