خواجه محمد صفوی پسر شیخ جنید، رهبر طریفت طریقت صفویه بود (۱۴۴۷–۱۴۶۰) بود که از یکی از همسران صیغه‌ای چرکس او متولد شده بود. [۱] او (نا) برادری بزرگ‌تر شیخ حیدر بود، جانشین شیخ جنید به عنوان رهبر صفویه، و به این ترتیب عمو بنیانگذار سلسله صفوی، اسماعیل، بود. [۱] او یک برادر دیگر به نام خواجه جمشید داشت که در یکی از مبارزات شیخ حیدر در جنوب داغستان کشته شده بود. [۱] تنها خواهر بازمانده خواجه محمد، شاه‌پاشا خاتون، با محمد بیگ تالش، یک فرمانده نظامی اهل خلخال که بعدها سرپرست (تبدیل لله) اسماعیل اول شد و نقش محوری در رسیدن او به قدرت در اوایل قرن شانزدهم میلادی داشت ازدواج کرده بود [۱][۲]
