دریاچۀ قره‌کول در میان فرورفتگی گردی جای گرفته که گمان می‌رود دهانۀ برخوردی یک سنگ آسمانی به قطر ۵۲ کیلومتر (۳۲ مایل) باشد.[۲] این دهانه به نسبت جوان است؛ برآورد می‌شود که این برخورد ۲۵ میلیون سال پیش[۱]، یا کمتر از ۲۳ میلیون سال پیش[۳]، یا بین ۲٫۶ تا ۵٫۳ میلیون سال پیش (دورهٔپلیوسن)[۴] رخ داده باشد. ساختار برخوردی دریاچۀ قره‌کول تا زمانی که بررسی عکس‌های گرفته شده از فضا در سال ۱۹۸۷ میلادی آن را آشکار کرد، پنهان مانده بود.[۴][۵]
دریاچه
دریاچه در بلندای ۳٬۹۰۰ متر (۱۲٬۸۰۰ فوت) بالاتر از تراز دریا جای گرفته است. شبه‌جزیره‌ای که از کنارهٔ جنوبی دریاچه گسترش یافته و نیز جزیره‌ای که در نزدیکی کنارهٔ شمالی آن جای دارد، دریاچه را به دو آبگیر بخش کرده است: بخش خاوری که کوچک‌تر و کمابیش کم‌ژرفاتر بوده و ژرفای آن چیزی میان ۱۳ و ۱۹ متر (۴۳ و ۶۲ فوت) است و بخش باختری که بزرگ‌تر بوده و ژرفای آن نزدیک به ۲۲۱ تا ۲۳۰ متر (۷۲۵ تا ۷۵۵ فوت) است. این دریاچه یک حوضهٔ بسته بوده و آب آن آب لب‌شور است.
زیست‌بوم
هر چند دریاچه در میان پارک ملی تاجیکستان جای گرفته ولی از بیشتر پهنه‌های گرداگرد آن همچون چراگاه بهره‌برداری می‌شود.
