پایگاه داده توالی‌ها

پایگاه داده توالی

در مبحث داده پردازی زیستی (Bioinformatics) پایگاه داده توالی (sequence database)، نوعی پایگاه داده زیستی محسوب می‌شود که مجموعه بزرگی از توالی‌های اسید نوکلئیک، توالی‌های پروتئین یا پلیمرهای دیگر را در خود جای داده است. به عنوان مثال پایگاه داده Uniprot[پیوند مرده] نمونه ای از پایگاه داده پروتئینی است. تا سال ۲۰۱۳ این پایگاه داده بیش از ۴۰ میلیون توالی پروتئین را دارا بوده که البته تعداد توالی‌های آن به صورت تصاعدی در حال رشد است.[۱] این پایگاه داده همچنین می‌تواند شامل یک رشته از یک ارگانیسم باشد (یک پایگاه داده برای هر یک از پروتئین‌های موجود در saccharomyces cerevisiae) یا شامل تمام رشته‌های پروتئینی تشکیل دهنده یک مولکول دی‌ان‌ای باشد.

نتایج بررسی

پایگاه داده توالی‌ها می‌تواند توسط روش‌های مختلفی جستجو شود. معمول‌ترین روش، جستجوی یک توالی مشابه یک پروتئین یا ژن است که این پروتئین یا ژنی دارای توالی شناخته شده‌ای برای کاربر باشد. برنامه بلاست یک روش از این نوع است.

جستجو در پایگاه‌های داده توالی‌ها با روش‌های مختلف انجام می‌گیرد. پرکاربردترین روش، جستجو به منظور یافتن توالی‌های مشابه با پروتئین یا ژنی است که توالی آن قبلاً برای کاربر مشخص شده‌است. برنامه BLAST برای این نوع جستجو بسیار متداول است.

داده‌های این نوع پایگاه‌ها منابع متفاوتی دارند و نتیجه آزمایش‌های کوچک یا بزرگ در نقاط مختلف دنیا هستند. این داده‌ها از تحقیقات انفرادی کوچک تا نتایج مطالعاتی چون تحقیقات مراکز بزرگ توالی یابی ژنوم در این پایگاه‌ها تجمع می‌یابد؛ بنابراین این توالی‌ها و روش‌های زیست‌شناسی ضمیمه شده به این توالی‌ها دارای کیفیت متفاوتی است.[۲]

بسیاری از توالی‌ها براساس یک تحقیق آزمایشگاهی به دست نیامده است. این توالی‌ها نتیجه جستجو شباهت توالی با توالی‌های ثبت شده قبلی است. وقتی یک توالی براساس مشابهت با توالی‌های دیگر ثبت می‌شود به عنوان یک داده جدید در پایگاه داده ذخیره می‌گردد و می‌تواند اساس ثبت توالی‌های دیگری نیز باشد. اکثر پایگاه‌های داده DNA و پروتئین امکان ثبت توالی‌های جدید و افزودن به مجموعه داده‌های پایگاه را برای کاربر فراهم می‌آورند. به عنوان مثال در پایگاه داده NCBI که بزرگترین پایگاه داده DNA محسوب می‌شود می‌توان توالی‌های DNA جدید را از طریق برنامه Bankit در این پایگاه ثبت نمود و بعد از ارزیابی توالی توسط این پایگاه، توالی به نام کاربر در پایگاه ثبت شده و در برنامه‌های جستجو مانند BLAST استفاده می‌شود.

بیشتر پایگاه‌های داده پروتئین و DNA برای شناسایی یک پروتئین یا یک قطعه DNA یا ژن بعد از توالی یابی به کار می‌روند. یعنی پس از توالی یابی DNA و پروتئین توالی حاصل در این پایگاه‌ها جستجو شده و نتایج جستجو و میزان مشابهت با توالی‌های موجود در پایگاه به شناسایی توالی جدید کمک می‌کند برخی از این پایگاه‌ها امکان پیشگویی عملکرد و ساختارثانویه یک توالی به صورت پروتئین را فراهم می‌کنند. با استفاده از برنامه CBLAST که از امکانات پایگاه داده NCBI به‌شمار می‌رود می‌توان ساختار ثانویه یک توالی را به صورت پروتئین پیشگویی نمود.

داده‌های منتج به تناقض

مشکل عمده اکثر پایگاه داده‌های توالی ژنتیکی این است که رکوردها رنج وسیعی از منابع شامل محققان تا مراکز بزرگ تعیین توالی ژنوم را در بر می‌گیرند. در نتیجه هر یک ازتوالی‌ها (و بخصوص تفسیرهای زیستی متصل شده به این توالی‌ها) به خودی خود از نظر کمیت و محتوا بسیار گسترده می‌شوند. علاوه بر این آزمایشگاه‌های مختلف توالی‌های متعددی را ثبت می‌کنند که با توالی‌های موجود در پایگاه داده یکسان یا تقریباً یکسانند.

بسیاری از تفسیرها بر اساس تحقیقات آزمایشگاهی نیستند و براساس جستجوی توالی‌های مشابه با توالی‌های تفسیر شدهٔ قبلی می‌باشند. واضح است که زمانی که یک توالی بر اساس شباهتش به دیگر توالی‌ها تفسیر می‌شود و سپس در پایگاه داده ذخیره می‌شود، بقیهٔ تفسیرها هم ممکن است از روی آن انجام شود؛ که این باعث به وجود آمدن مشکل تفسیرهای متعدد می‌شود، زیرا چندین تفسیر ممکن است موجود باشد که یا بر اساس رشته‌های مشابه بدست آمده یا بر اساس اطلاعات تجربی است که از آزمایشگاه‌ها بدست آمده؛ بنابراین همیشه بایستی به ترجمه‌های زیستی موجود در پایگاه دادهٔ توالی‌ها با شک و تردید نگریست.

منابع

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «Sequence database». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۲۵ ژوئن ۲۰۱۲.

  1. ↑ 1. Cochrane, G. ; Karsch-Mizrachi, I. ; Nakamura, Y. (23 November 2010). "The International Nucleotide Sequence Database Collaboration". Nucleic Acids Research. 39 (Database): D15–D18. doi:10.1093/nar/gkq1150.
  2. ↑ 2. Sikic, K. ; Carugo, O. (2010). "Protein sequence redundancy reduction: comparison of various method". Bioinformation. 5 (6): 234–9. doi:10.6026/97320630005234. PMC 3055704. PMID 21364823.

جستارهای وابسته

پیوند به بیرون

پانویس

Read other articles:

Gala (king)

Gaia (Numidian: GJJ)[1][2] (died 207 BCE) was a Berber king of the Massylii,[3] an eastern Numidian tribe in North Africa. Gaia reigned during the Second Punic War of ancient Rome. He was the father of King Masinissa,[4] and the brother of Oezalces.[5] Greco-Roman authors give his name as Gala, but an inscription in Dougga indicates it may have instead been Gaia.[6] See also List of Kings of Numidia Notes ^ Huß, Werner (Bamberg) (2006-10-01), M...

 

 

19-я отдельная гвардейская механизированная бригада

19-я отдельная гвардейская механизированная Николаевско-Будапештская Краснознамённая, ордена Суворова бригадабелор. 19-я гвардзейская Мікалаева-Будапешцкая чырванасцяжная ордэна Суворава асобная механізаваная брыгада Годы существования 2008[1] — н. в. Страна  Бе

 

 

Mount Tanzawa

Mountain in Kanagawa Prefecture, Japan Mount Tanzawa丹沢山View from Mount FudōHighest pointElevation1,567.1 m (5,141 ft)Prominence117 m (384 ft)Parent peakMount HiruListingList of mountains and hills of Japan by heightCoordinates35°28′27″N 139°9′46″E / 35.47417°N 139.16278°E / 35.47417; 139.16278GeographyMount TanzawaKanagawa Prefecture, Japan Parent rangeTanzawa MountainsTopo mapGeographical Survey Institute 25000:1 大山50000...

Anarchy, State, and Utopia

1974 book by Robert Nozick Anarchy, State, and Utopia Cover of the first editionAuthorRobert NozickCountryUnited StatesLanguageEnglishSubjectDistributive justicePublisherBasic BooksPublication date1974Media typePrint (hardcover and paperback)Pages334ISBN978-0465097203Dewey Decimal320.1/01LC ClassJC571 .N68 Anarchy, State, and Utopia is a 1974 book by the American political philosopher Robert Nozick. It won the 1975 US National Book Award in category Philosophy and Religion,[1 ...

 

 

サッカーベネズエラ代表

この項目では、男子代表について説明しています。女子代表については「サッカーベネズエラ女子代表」をご覧ください。 サッカーベネズエラ代表 国または地域 ベネズエラ協会 ベネズエラサッカー連盟FIFAコード VEN愛称 La Tricolor（トリコロール）La Vinotinto（赤ワイン）監督 フェルナンド・バティスタ（英語版）キャプテン トマス・リンコン最多出場選手 フアン・アラ

 

 

Jirón Francisco Pizarro

Jirón Francisco Pizarro Trujillo, Perú Otros datosPrincipales puntos turísticos Iglesia de Santo DomingoPlaza de Armas de TrujilloCasa Urquiaga[1]​Iglesia de la MercedPalacio Itúrregui[2]​Orientación • Suroeste Avenida Víctor Larco • Noreste Calle Rímac[editar datos en Wikidata] El jirón Francisco Pizarro es una calle del centro histórico de la ciudad de Trujillo, en el Perú. Se extiende a lo largo de nueve cuadras. Además, a partir de la cu...

Lina Bruna Rasa

Lina Bruna Rasa Información personalNacimiento 24 de septiembre de 1907 Padua (Italia) Fallecimiento 20 de septiembre de 1984 Cernusco sul Naviglio (Italia) Nacionalidad Italiana (1946-1984)Información profesionalOcupación Cantante de ópera Género Música clásica Instrumento Voz Tipo de voz Soprano [editar datos en Wikidata] Lina Bruna Rasa (Padua, 1907 - Milán, 1984) fue una soprano dramática italiana conocida por su intensidad, entrega y compenetración con los person...

 

 

Zelândia (região)

 Nota: Para outros significados, veja Zelândia. Coordenadas: 55° 10' N 11° 50' E Região da ZelândiaRegion Sjælland   Região da Dinamarca   Horizonte de Região da Zelândia Símbolos Bandeira Localização Localização de Região da Zelândia País  Dinamarca História 2007 Administração Sede Sorø Características geográficas Área total 7 273 km² População total (2009) 821 252 hab. A Região da Zelândia (Region Sjælland, e...

 

 

Dreamtoon Animation Studios

PT Animasi Kartun IndonesiaJenisPerseroan terbatasIndustriAnimasiDidirikan2012; 10 tahun lalu (2012) di JakartaKantorpusatJakarta, IndonesiaWilayah operasiIndonesiaPemiliklihat daftarIndukElang Mahkota Teknologi PT Animasi Kartun Indonesia (Dreamtoon Animation Studios) adalah sebuah rumah produksi animasi yang didirikan pada tahun 2012 di bawah naungan Indonesia Entertainmen Grup. Rumah produksi ini berfokus pada bidang perdagangan, jasa, desain animasi. Museum Rekor Indonesia (MURI) men...

Mozhi (film)

2007 film by Radha Mohan MozhiPosterDirected byRadha MohanWritten byViji (Dialogue)Screenplay byRadha MohanStory byRadha MohanProduced byPrakash RajStarringPrithvirajJyothikaPrakash RajSwarnamalyaCinematographyK. V. GuhanEdited byKasi ViswanathanMusic byVidyasagarProductioncompanyDuet MoviesDistributed byOscar FilmsRelease date23 February 2007Running time155 minutesCountryIndiaLanguageTamilBudgetest. ₹ 3 Crore[1]Box officeest. ₹ 14 Crore[2] Mozhi (transl. Language) i...

 

 

List of film festivals in Europe

Hochschule für Fernsehen und Film München, Filmfest Munich 2019 Film festivals List of film festivals Europe North/Central America Oceania Documentary film festivals Human rights film festivals LGBT film festivals New Media art festivals This is a list of Wikipedia articles about film festivals in Europe. Albania Name Est. Location Type Details Tirana International Film Festival 2003 Tirana International September International Film Summerfest of Durrës 2008 Durrës International Annual Ar...

 

 

Swimming at the 2022 Mediterranean Games – Men's 4 × 100 metre freestyle relay

Main article: Swimming at the 2022 Mediterranean Games Men's 4 × 100 metre freestyle relay at the 2022 Mediterranean GamesLocationBir El Djir, AlgeriaDates3 JulyCompetitors32 from 8 nationsTeams8Winning time3:15.77Medalists  Luca SerioAlessandro BoriGiovanni CarraroFilippo Megli   Italy Andreas VazaiosStergios BilasKristian GkolomeevDimitrios Markos   Greece Charles RihouxMathias EvenTom Hug-DreyfusArthur Berol   France...

Road Runner's Death Valley Rally

This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: Road Runner's Death Valley Rally – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (February 2015) (Learn how and when to remove this template message) 1992 video gameRoad Runner's Death Valley RallyNorth American box artDeveloper(s)ICOM SimulationsPublisher(s)Suns...

 

 

Thando Hopa

South African model, activist, and lawyer You can help expand this article with text translated from the corresponding article in French. (April 2019) Click [show] for important translation instructions. View a machine-translated version of the French article. Machine translation, like DeepL or Google Translate, is a useful starting point for translations, but translators must revise errors as necessary and confirm that the translation is accurate, rather than simply copy-pasting machine...

 

 

Water for Your Soul

2015 studio album by Joss Stone Water for Your SoulStudio album by Joss StoneReleased31 July 2015 (2015-07-31)Recorded2012–2015Studio Home Grown (Devon, England) Titan (London)[a] Dream Lodge (New York City)[a] Decibel (Hawaii)[a] Lakehouse Recording (Asbury Park, New Jersey)[a] Grip House (New York City)[a] Rhythm Shack (New Orleans)[a] AIR (London)[a] Genre Soul reggae[1] R&B world hip hop[2] Le...

Fort: Prophet of the Unexplained

Comic book series by Peter M. Lenkov Fort: Prophet of the UnexplainedCover of the Dark Horse Comics Fort TPB. Art by Frazer Irving.Publication informationPublisherDark Horse ComicsScheduleMonthlyFormatLimited seriesGenre Steampunk Publication dateJune - September, 2002No. of issues4Main character(s)Charles FortH. P. LovecraftCreative teamCreated byPeter M. LenkovFrazer IrvingWritten byPeter M. LenkovArtist(s)Frazer IrvingLetterer(s)Digital ChameleonEditor(s)Dave LandPhilip SimonCollected edit...

 

 

Won Ung-hui

North Korean politician and military officer Won Ung-huiPersonal detailsBorn1939Japanese KoreaDiedMay 15th, 2004CitizenshipNorth KoreanNationalityKoreanPolitical partyWorkers' Party of KoreaOccupationMilitary officerMilitary serviceAllegiance North KoreaBranch/service Korean People's ArmyRank General Won Ung-hui (Korean: 원응희) (born 1939- died May 15, 2004) was a North Korean politician and military officer, served as commander of the Military Security Command of the Korean Peo...

 

 

Radio-controlled boat

Boat controlled with radio-controlling equipment This article includes a list of references, related reading, or external links, but its sources remain unclear because it lacks inline citations. Please help to improve this article by introducing more precise citations. (July 2013) (Learn how and when to remove this template message) A mass-produced radio-controlled yacht In 1898, Tesla demonstrated a radio-controlled boat (U.S. Patent 613,809 —Method of an Apparatus for Controlling Mec...

C. A. Kurian

Indian politician (1933–2021) In this Indian name, the name Chembilayil Abraham is a patronymic, and the person should be referred to by the given name, Kurian.Chembilayil Abraham Kurian (20 January 1933 – 20 March 2021) was an Indian trade union leader, legislator, and leader of the Communist Party of India. He was born to Abraham of the Chembilayil house.[1] He was the Chair of Deputy Speaker in the 10th Kerala Legislative Assembly. He was first elected to the 5th Kerala Legisla...

 

 

Bellefontaine Cemetery

Bellefontaine CemeteryThe Wainwright Tomb at Bellefontaine Cemetery is listed on the National Register of Historic Places.DetailsEstablished1849Location4947 West Florissant Avenue, St. Louis, Missouri, U.S.CountryUnited StatesCoordinates38°41′51″N 90°14′01″W / 38.69737°N 90.23363°W / 38.69737; -90.23363TypePublicSize314 acres (127 ha)No. of graves87,000Websitebellefontainecemetery.orgFind a GraveBellefontaine Cemetery Bellefontaine Cemetery is a nonpro...

 

 

Strategi Solo vs Squad di Free Fire: Cara Menang Mudah!