سید محمد حجت کوه‌کمری در آخرین کسالتی که برایش ایجاد و منجر به درگذشتش شد، وصی خود سید احمد زنجانی و برخی از شاگردان خود را فراخواند. او با توجه به وضعیت بیماری خود از آن‌ها درخواست کرد که مُهر مرجعیتش را بشکنند تا بعد از او از آن مُهر سوء استفاده نشود. وی سرانجام در روز دوشنبه ۲۸ دی ۱۳۳۱ (سوم جمادی‌الاولی ۱۳۷۲) درگذشت.
وقتی خبر درگذشت حجت به سید حسین بروجردی رسید او از شدت ناراحتی گفت «کمرم شکست»[۱]
بزرگداشت
بزرگداشت حجت کوه‌کمری در بهمن ۱۳۹۶ توسط حوزه علمیه قم برگزار شد.[۷][۸]
