جعفر زعیمی نیکو در سال ۱۳۴۳ همکاری خود را با نیروی هوایی به عنوان نوازنده «ترومپت» آغاز نمود و به مدت ۷ سال با ارکستر نظامی به رهبری «رحمت افشار» همکاری کرد.
او پس از پایان تحصیلات متوسطه و احذ مدرک دیپلم ریاضی با بورسیهارتش به هنرستان عالی موسیقی راه یافت. در پایان تحصیل در هنرستان عالی موسیقی در مسابقات کالج سلطنتی موسیقی لندن شرکت کرد و موفق به اخذ بورس تحصیلی انگلستان شد. او برای ادامه تحصیلات عالی موسیقی راهی انگستان شد و در کالج سلطنتی موسیقی مشغول به تحصیل شد. پس از ۲ سال در آزمون وزارت دفاع انگلستان شرکت نمود و با کسب عناوین اول در درس‌های تخصصی موسیقی پذیرفته شد.
او پس از ۳ سال تحصیل با کسب عنوان نخست و لوح یادبود در دروس سازشناسی، پرکاشن و کُرال به عنوان بهترین دانشجوی خارجی معرفی و فارغ‌التحصیل شد.
وی در سال ۱۳۵۸ به ایران بازگشت و به عنوان فرمانده در نیروی هوایی منصوب شد. او پس از آغاز جنگ ایران و عراق، طرح تشکیل آموزشگاه موسیقی برای کلیه نیروهای مسلح را به تصویب رسانده و راه اندازی کرد. وی همچنین طرح تشکیل «هنرستان موسیقی نظامی» را به تصویب رساند.[۱] او سرانجام پس از ۲۷ سال از خدمات نظامی با درجه سرهنگی[۲] بازنشسته شد.[۱]
جعفر زعیمی نیکو برای نخستین بار در ایران، روش‌های نوین و مدرن در انگشت‌گذاری و شیوهٔ اجرای سازهای بادی را آموزش داد. او همچنین با تغییراتی در سازهای بادی برنجی، ابتکار نواختن فواصل موسیقی ایرانی را بر روی گام ۲۴ قسمتی به وجود آورد. وی در چهارمین جشنواره هنر و ادبیات در خدمت جنگ، برنده جایزه نخست و لوح یادبود شد.[۱]
