دین اسلام در سرزمینهای غرب دریای خزر که مردم آن پیرو آئین زرتشت بودند، به ویژه در میان پیشهوران و بازرگانان به سرعت گسترش یافت، ولی مردم کوهنشین قفقاز در حفظ آئینهای کهن مسیحی و زرتشتی خویش همچنان باقی بودند.
گرچه بخشهایی از قفقاز شمالی یا نواحی و سرحدات شمالی قفقاز جنوبی پس از چندین دهه از ورود اسلام، به این دین مسلمان شدند ولی ساکنان اراضی کنونی جمهوری آذربایجان در برخورد با این رسالت جدید الهی چندان درنگ نکردند. این منطقه در طول تاریخ تحت حکومت دولتهایی چون امویان و عباسیان و پس از آن سلسلهها و حکومتهای متعدد ایرانی بودند.
در دوره حاکمیت ۷۰ ساله کمونیستها، الحاد و بیدینی در آذربایجان ترویج گردید و با فشارهای مختلف دینستیزی، شرایط عمومی مسلمانان به سختی گرایید.
دوران معاصر
بعد از فروپاشی شوروی در جمهوریهای مسلماننشین آن، گرایش به اسلام رو به فزونی نهاد. از بین رفتن نظام مبتنی بر انکار خدا و دین، فرصتی برای مردم جمهوری آذربایجان پیش آورد تا با آزادی به برپایی مراسم و مناسبتهای اسلامی در مساجد و منازل بپردازد.
با وجود اکثریت قابل توجه مسلمان این کشور، نوع نظام سیاسی حاکم بر جمهوری آذربایجان بر اساس اصول قانون اساسی بعد از استقلال این کشور، لائیک و غیر دینی ترسیم شدهاست.