R1a haplotaldearen jatorriari buruzko hainbat teoria daude, eta oro har indoeuropar migrazioekin lotuta daude. Hala ere, teoria horiek soilik R1a1a aipatzen dutela dirudi, izan ere, M17 mutazioaren presentzia ohikoena da populazioan eta oso dokumentatuta dago. Hainbat teoriaren arabera, R1a (M420 edo M17) mendebaldeko Asian, ekialdeko Europan edo hegoaldeko Asian sortu zen. Iranen eta Turkiako ekialdean subklado basal arraroak daudenez, R1a (M420) duela 25.000 urte inguru sortu zela Iran inguruan iradoki dute; aldiz, subklado ohikoenak, R1a1a1 (M417), jatorri europarra izango luke duela 5.800 urte inguru,[2] eta, beraz, aitzinindoeuroparrekin lotuta egon liteke.
Kivisildek Asia mendebaldeko jatorriaren teoria mantentzen du, Indiaren indo-ariar inbasioak bertan sortu zirelakoan.[3] Bestalde, Seminok Ekialde Hurbileko jatorria proposatzen du, indoeuropar hizkuntzak bertan sortuko zirela kontuan hartzen badugu.[4] Ekialde Hurbileko R1a (M420) -ren jatorriaren aldeko ebidentzia da eskualde horretan aurkitzen dugula aniztasun handiena, R1a* eta R1a1* klado zaharrenen presentzia ikus baitaiteke hemen; aldiz, R1a1a (M17)-k Ekialdeko Europan du aniztasun handiena.[5]
Ekialdeko Europako jatorriaren teoriaren arabera, Spencer Wellsek, National Geographiceko Proiektu Genografikoaren zuzendariak, R1a duela 10.000 edo 15.000 urte Ukrainan edo Europako Errusiaren hegoaldean sortu zela zioen; "Ukrainar babeslekua" izeneko eskualde honetan, azken glaziar gorenean babestu zen. Edo ekialderaxeago, estepa pontiko-kaspiarrean, agertu zen.[6] Nolanahi ere, teoria hau Kurgan hipotesiak planteatutako migrazioen emaitza izango litzateke. Hipotesi horren arabera, indoeuropar hizkuntzen hedapenaren eta Kurgan kulturaren garapenaren artean lotura dago. Ukrainan eta Errusiako hegoaldean eta inguruko dibertsitate handiagatik % 50etik gorako maiztasunagatik teoria hau indartu egiten da,[7]zaldiaetxekotzen hasteaz gain, duela 5.000 urte baino gehiago Ukrainako kurganeek egindako hedapen kulturaleko ibilgailu garrantzitsua.[8]
R1aren hegoaldeko Asian sorreraren teoria Oxfordeko Unibertsitateko Stephen Oppenheimer genetistak ezarri zuen. Haren esanetan, haplotalde horren jatorria Asia hegoaldean duela 36.000 urte inguru, eta handik hedatu zen.[9] R1a Pakistanen, Indiako iparraldean eta Irango ekialdean dagoen aniztasunean oinarritzen da.