Ibai gehienak laburrak dira. Garrantzitsuenak Kalimantan, Java, Ginea Berria eta Sumatran daude. Luzeena Kalimantango Kapuas da (1.143 kilometro luze), ipar-erdialdeko mendigunean jaio eta ahoa Hego Txinako itsasoan duena. Kalimantango beste ibai batzuk dira Barito, Mahakam eta Rajang. Hegoaldeko Kalimantanen ehunka erreka txiki daude. Sumatrako garrantzitsuenak dira Batanghari eta Musi hegoaldean, eta Indragiri eta Kampar erdialdean. Javakoak sailak ureztatzeko erabiltzen dira; aipagarriak dira Solo (560 kilometro luze), Tarum eta Brantas. Papuako ibai gehienak, Mamberamo barne, Ozeano Barera isurtzen dira[3]. Aintzirei dagokienez, kontuan hartzekoa da Sumatrako Toba (1.775 kilometro koadro).
Klima
Indonesiak klima tropikala du, beroa eta euritsua. Batez besteko tenperatura beti-berdintsua da urte guztian: 28 °C itsasetzeko ordokietan, 26 °C barnealde eta mendietan, eta 23 °C mendigune gorenetan. Hezetasun erlatiboa aski handia izaten da beti, %70 eta %90 artekoa. Prezipitazioa, berriz, aldakorragoa da, montzoiari lotua. Bi urtaro izan ohi dira, lehorra, ekainatik irailera, eta hezea, abendutik martxora. Eskualderik euritsuenak herrialdearen iparralde eta mendebaldea dira, handik sartzen baitira montzoiaren haize hezeak. Hori dela eta, urteko batez besteko prezipitaziorik handienak mendebaldeko Sumatra, Java, Bali, Kalimantango barnealdea, Sulawesi eta Irian Jayan biltzen dira, 2.000 mm baino gehiago urtean. Iraila eta abendua bitartean, tifoiek haize eta erauntsi bortitzak eragin ditzakete; haien indarra, ordea, asko aldatzen da urte batetik bestera[4].
Eremu handia, klima tropikala eta uharteditasuna direla-eta, Indonesia da biodibertsitate handiena duen munduko bigarren herrialdea, Brasilen ondotik[6], eta Conservation International erakundeak 17 herrialde megadibertsoen zerrendan sarturik du[7]. Bi ekozona handiren artean dago: indomalaysiarra eta australasiarra[8]. Alfred Russel Wallace naturalistak deskribatutako Wallace Lerroa da bi erreinu biogeografiko horien muga. Sondako uharteetan (Sumatra, Java, Borneo eta Bali) Asiako fauna espezie ugari dago, aspaldiko denboretan kontinenteari loturik egon zirelako. Sulawesi, Nusa Tenggara eta Moluketan, berriz, kontinenteetatik banandurik egon baitira, arront fauna eta flora berezia dago. Azkenik, Ginea Berrikoa oso dibertsoa izateaz gain, Australiakoarekin erlazionaturik dago, behinola loturik egon zirelako.
Oihan tropikalek 1.150.000 kilometro koadroko eremua hartzen dute (erresuma osoaren %60), Asia eta Afrikako beste edozein herrialdetan baino gehiago. 40.000 landare baskular espezie daude, 511 narrasti espezie, 1.531 hegazti espezie (400 inguru endemikoak) eta 515 ugaztun espezie (%40 endemikoak)[8]. Ugaztun handiak, hala nola errinozeroak, orangutanak, Sumatrako tigrea, asiar elefantea eta lehoinabarra, ugariak ziren mendebaldeko uharteetan, baina gaur egun populazioak murrizturik daude.
Indonesiak 54.716 kilometroko kostaldea dauka, itsaso tropikalez inguratua; itsasertzeko ekosistemen artean ditugu hondartzak, dunak, estuarioak, mangladiak, koralezko uharriak, itsas belardiak, itsas padurak, marea arteko lautadak eta uhartexketako ekosistemak. Itsaso hauek Koralaren Triangeluaren zati dira, munduko gune aberatsena itsas bizitzan eta koral dibertsitatean[9].