Vohnja mõisast on esimesi teateid 1504. aastast, mil mõis kuulus van der Heyde aadliperekonnale. 17. sajandil Oxenstiernadele ja 18. sajandil Baerid, kui 1726. aastal sai Vohnja, Lasila ja Sutlema mõisate omanikuks abielu teel Christoph Reinhold von Waldecki tütre Anna Magdalena von Waldeckiga abiellunud Rootsi sõjaväe kornet ja Poola sõjaväe leitnant[1] Heinrich Baer (surn 1751[2]) ning seejärel tema poeg Andreas Magnus Baer Edler von Huthorn (1726−1787), 1805. aastal omandasid mõisa von Baumgartenid.
Vohnja mõisa juurde kuulus Kolu mõis, mis 1772. aastal eraldati iseseisvaks mõisaks.
Mõisa peahoone on ehitatud 1820.–1830. aastatel, von Baumgartnerite ajal. Vohnja härrastemaja hoone on klassitsistlikus ehitusstiilis ühekorruselise peahoone ja arvukate põllukivist ning põletatud tellistest ehitatud kõrvalhoonetega kompleksi loetakse üheks parimaks kõrgklassitsismi näiteks Eestis.
Vohnja mõisa möldri Jaani kaebus oma mõisniku Heinrich Baeri vastu oli 1739. aastal Liivimaa maanõunikuOtto Fabian von RoseniRoseni deklaratsiooni. Vabatalupoeg Jaan süüdistas mõisnikku ülemäärases maksude nõudmises ja vägivallas. 1739. aastal määras Viru-Järva meeskohus Jaanile sõnakuulmatuse eest peksu ja aastase vangistuse. Viibinud seitse nädalat trellide taga, põgenes ta ning läks uuesti Peterburi, kus esitas keiserlikule kabinetile pika ja põhjaliku kaebuse, milles nõudis, et Baer Peterburi kohtusse kutsutaks. Kohalikes kohtuastmetes õigust saamata pöördus Jaan kaebusega Venemaa keisrinna Anna poole, kes saatis selle läbivaatamiseks justiitskolleegiumile, sealt pöörduti selgituse saamiseks Liivimaa rüütelkonnaMaanõunike kolleegiumi poole. Liivimaa maanõunike kolleegiumile saadeti arupärimine, et selgitada siinsete mõisnike õigusi talupoegade suhtes.
Roseni deklaratsiooni alusel mõistis Peterburi Justiitskolleegium Jaan valekaebuse esitamise eest sunnitööle galeeridel, kuid vabanes peagi keisrivahetusega kaasnenud amnestiaga ning pöördus Vohnjasse tagasi. Tal õnnestus ennast varjata kuni Venemaa keisrinna Jelizaveta Ikroonimisega kaasneva amnestiani sügiseni 1740. Osalemise eest talupoegade kaebekirjaaktsioonis, peksti Vohnja Jaan 28. märtsil 1744 Tallinna turuplatsil teiste Vohnja talupoegade silme all ja mõisteti ta 1744. aastal Orenburgi kubermangu asumisele. Paradoksaalsel kombel tähendas see aga ka tema vabastamist pärisorjusest.
