Kodusõja puhkedes liitus ta Konföderatsiooni armeega ning ta ülendati koloneliks. 1861. aasta juulis toimunud esimeses Bull Runi lahingus sai ta hüüdnime "Stonewall" ("Kivimüür"). Nimi pärineb Konföderatsiooni kindralilt Barnard Elliott Bee'lt, kes lausus: "Jakcson ja tema väed seisid vaenlase ees nagu kivimüür". 1862. aastal ülendati Jackson kindralleitnandiks.