Tartu-Maarja kihelkond on asutatud 13. sajandil. Muinasajal asus selle põhjapoolse osa kohal Jogentagana väikemaakond (muinaskihelkond), lõunapoolse osa kohal aga oletatav Ugandisse kuulunud muinaskihelkond keskusega Tartus.[2]
Kihelkond oli suur ning tihedalt asustatud, seal oli palju mõisaid. Kihelkonnakirik oli Tartu Maarja kirik.[2]
Kirchspiel St. Johannis ja Tartu linn, 1687. aastalLiivimaa kubermangu Tartu kreis. Ludwig August Mellin, "Atlas von Liefland, oder von den beyden Gouvernementern u. Herzogthümern Lief- und Ehstland, und der Provinz Oesel". 1798
Kihelkonna maad paiknevad tänapäeval tervikuna Tartu maakonna aladel. Kihelkonna põhiosa asub Emajõe vasakkaldal pika siiluna Tartust kuni Peipsini. Kaks eraldatud ala asuvad Tartust läänes Ilmatsalu mõisa ümbruses ning Tartust lõunas Ülenurme mõisa lähikonnas. Kihelkonna aladel paikneb ka suur osa Tartu linnast.[2]
Kihelkonna lõunapoolse serva alad moodustavad Luunja valla. Sellest põhja pool olevad mahukad alad on Tartu valla lõunaosas. Kihelkonna loodenurk ja lääneosa jääb Tartu linna, väike osa ka Elva valla idaossa. Alad Tartu edela- ja lõunaküljel kuuluvad Kambja valda.
