Nestorius tahtis, et loobutaks neitsi Maarja ammusest tiitlist Theotokos ("Jumalaema"), mida paljud mõistsid nii, et Nestorius ei uskunud Kristuse jumalikku loomusse. Tegelikult muretses Nestorius sellepärast, et Theotokose kultus lähenes tema arvates Maarja austamisele jumalannana. Seetõttu sattus ta konflikti teiste tolleaegsete tähtsamate usumeestega, eelkõige Aleksandria Kyrillosega, kes süüdistas teda ketserluses.
Nestorius püüdis end kaitsta esimesel Ephesose kirikukogul 431. aastal, ent enamik piiskoppe mõistis ta hoopis süüdi ketserluses ning ta jäi piiskopitoolist ilma. Omal soovil taandus ta oma endisse kloostrisse Antiookias või selle läheduses. 435. aastal saatis Theodosius II ta pagendusse Ülem-Egiptusse, kus Nestorius elas 450. aastani, kaitstes endiselt oma seisukohtade ortodokssust. Tema viimane kaitsja Rooma keisririigis Kyrrose Theodoretos nõustus lõpuks kirikuvandegaKalchedoni kirikukogul 451. aastal.
Idakirik (st Ida-Mesopotaamia ja Assüüria kirikSassaniididePärsias) ei nõustunud kunagi Nestoriuse hukkamõistmisega. Seepärast hakkasid Lääne kristlased nimetama idakirikut nestoriaanlikuks, ehkki Nestoriust pole seal kunagi kirikuisaks peetud.
20. sajandi algul avastati ja avaldati Nestoriuse teos, mistõttu tema vaated ümber hinnati. Tänapäeval arvatakse üldiselt, et Nestoriuse seisukohad ei erine oluliselt neist, mis jäid kehtima ortodokssetena, kuid tema sõnastus Kristuse doktriinist on endiselt vaieldav. Teine Konstantinoopoli kirikukogu 553. aastal kinnitas Nestoriuse hukkamõistu, lükates tagasi Iba kirja, milles too väitis, et Nestorius mõisteti süüdi ilma korraliku uurimiseta.
Nestoriuselt pärineb ka võrdkuju, milles inimese püüdlust kommete paranemisele võrreldakse kivi viskamise ülespoole: see on võimalik üksnes ajutiselt, kuna inimeste loomusse kuuluvad kired kisuvad nad taas tagasi nende loomupärasesse olekusse[1].
