Misso kandis hakati astele lugemist ja pühakirja õpetama Peräpugola külakoolis 1766. aastal (arhiiviallikate järgi). Mõnedel andmetel tegutses Peräpugola külakool juba 1753. aastal.[1] Hiljem tegutses kooli viimases asukohas (Pulli järve ääres) Pugola kool (teine koolimaja).
1884. aastal pandi vallavanem Kuke eestvõtmisel püsti kolmas koolimaja, mis on säilinud ümberehitatult tänapäevani.
Pärast 1918. aastat tegutses Missos Pulli järve ääres Pugola Algkool[1].
1957. aastal sai Feliks Kraani eestvedamisel Misso koolist keskkool - Misso Keskkool[1]. 1977. aastal taandati keskkool 8-klassiliseks, kuid tänu kooli, sovhoosi ja külanõukogu juhi ühisele jõupingutusele saadi 1984. aastast uuesti keskkooliks.
2008. aastal valmis neljas koolimaja, kus keskharidust saadi anda vaid kolm aastat. Alates 2011. aastast oli Missos põhikool, mis kandis nime Misso Kool.[1]
2016. aastal õppis koolis 20 õpilast. 2017/2018. õppeaastal oli koolis kaheksa õpilast, olles seega Eesti väikseim kool.[2] 2019/2020. ja 2020/2021. õppeaastal õppis koolis kolm õpilast. 2021/2022. õppeaastal ei olnud koolis enamühtegi õpilast. Viimane õpetaja koondati 2021. aasta sügisel, kuid põhikool tegutses juriidiliselt veel kuni 2022. aasta kevadeni. Koolihoones tegutsenud seitsme lapsega lasteaiarühm jäeti alles, kuid see liideti 2022. aasta sügisest Haanja Kooliga.[3] Viimased õppurid koolimajas olid kolm lasteaialast, kelle vanematele pakkus Rõuge vald 2023. aasta sügisest võimalust panna mudilased Haanja Kooli Ruusmäe lasteaiarühma. Seda võimalust kasutati kahe lapse puhul.[4]
Lasteaed
13. juulil 1965 avati Misso endises neljakorterilises elumajas 25 lapsele mõeldud üherühmaline lasteaed. 1988. aastal laiendati lasteasutuse ruume juurdeehitusega. 2002. aasta suvel kujundati Misso Lasteaed Krõll liitrühmaliseks lasteaiaks. 2008. aasta sügisel kolis lasteaed uude Misso Keskkooli hoonesse ja tegutses seal koos kooliga. 2011. aastal liideti lasteaed kooliga üheks asutuseks Misso Kool.
Õpilaskodu
Misso Koolil oli kaheksa kohaga õpilaskodu, kus oli võimalik ööbida koolinädala kestel.
Koolimaja
Misso koolimaja oli teadaolevalt ainus kool Eestis, mis asus avalikus rannas Pulli järve ääres. Hoone ehitati 2008. aastal. Vana koolimaja asus uue hoone kõrval. Vana koolimaja vundamendi kohal on väliala, kus huvilistel on võimalik uurida Misso aleviku ja Rõuge valla kohta, istuda või mängida lauatennist.[5]
Pärast kooli ja lasteaia tegevuse lõpetamist hoones ei olnud sellel enam kasutust ning Rõuge vallavalitsuse ning volikogu majandus- ja arengukomisjoni ning volikogu arutelude tulemusel otsustati hoone müüa, et see ei jääks tühjalt seisma.[5] Kaks oksjonit 2023. aasta sügisel ebaõnnestusid.[4] 2024. aasta märtsis kuulutas Rõuge vald välja uue avaliku enampakkumise.[6]
