Lyduokiais asub muinaskalmistu, mis oli kasutusel ristisõdade perioodil. Aastast 1499 pärinevad esimesed teated sealsest mõisast, XVI sajandist ka selle juurde tekkinud külast. Aastal 1623 rajati Lyduokiasse esimene kirik, mille juures XVIII sajandil hakkas tegutsema ka kihelkonnakool. Aastal 1884 ehitati Lyduokiai mõisniku, sõjainsener Heinrik Voinicki ja kohaliku kihelkonna rahaga praegune kirikuhoone.[2]
XX sajandi alguses rajasid mõisa omanikud sealsesse mõisa põllumajanduskooli. Aastaks 1923 oli Lyduokiai saanud alevi saatuse; toona oli alevis 471 ja mõisas 137 elanikku. Teise maailmasõja järel tegutsesid alevi ümbruskonnas Leedu metsavennad, nende mälestuseks püstitati aastal 1998 alevi vanale surnuaiale mälestusmärk.[3] Nõukogude perioodil oli Lyduokiai kohaliku kolhoosi keskasulaks.