1736. aastal tegutses LiivimaalTartu kihelkonnas nelja mõisakooli hulgas Luunja mõisakool. 1765. aastast oli Luunjas külakool, mille esimeseks õpetajaks oli Jüri Rekko. Kursus oli üheaastane ja koolis käisid ka tütarlapsed. Õppetöö algas mardipäeval ja lõppes kaks nädalat enne kevadpühi.[1]
1893. aastal ehitati ehitusmeister Mihkel Piksoni juhatusel uus koolimaja maksumusega 2600 rubla.[1] 25. septembril 1925. aastal põles koolimaja teadmata põhjustel maha ja uus koolimaja ehitati 1932. aastal. Koolimaja juurde rajati kooliaed botaanik Jaan Porti plaani järgi.
20. sajandi algul töötas Luunja koolis õpetajana kirjanik Villem Buk. Luunja koolist on saanud oma algteadmised kunagine Tartumaal tuntud haridusosakonna juhataja ja koolijuht Valter Johanson.[1]
Teist korda hävis koolimaja 1944. aastal ning õppetöö jätkus ümbruskonna taludes ja vallamajas. 1948. aastal muudeti Luunja kool algkooliks. Kabina kaheksaklassilise kooli direktori Endla Roo initsiatiivil ehitati Luunja keskusse uus koolimaja, kus 1964. aastal alustas tööd Luunja 8-klassiline kool ning ühendati Kabina kool ja Luunja Algkool.[1]
1978. aastal ehitati täienduseks kolmekorruseline koolimaja ja kool muudeti Luunja Keskkooliks, kuhu asusid õppima Võnnu Keskkooli keskkooli osa, Aru ja Võõpste põhikooli ning Kavastu ja Lohkva Algkooli õpilased. 1981/82. õppeaastal oli kooli õpilaste arv kooli ajaloo suurim – 497.[1]
