Krootuse kooli eelkäijaks loetakse Karaski kooli, kus kirjalike allikate kohaselt hakati kooliharidust andma 1767. aastast.[1][2] Karaski vana koolimaja asus Ihamaru külas.
Karaski külakoolis on õppinud kirjanikud Richard Roht (aastatel 1899–1900) ja Rudolf Sirge (aastatel 1915–1917).[3]
Ihamarus tegutses kool 1930.–1931. aastani.[1] 1929. aastal alustatud uue koolimaja ehitus endise Karaski karjamõisa maal Põlva–Kanepi tee ääres lõppes 1931. aastal.[1][2] Kool avati 4. oktoobril 1931[2] ja tegutses kuni 1944. aastani 6-klassilise algkoolina.[2] Alates 1945. aastast oli kool 7-klassiline, 1962. aastast 8-klassiline[1] ja 1988. aastas kevadest 9-klassiline.[2] Karaski koolimajas toimus õppetöö 1989. aastani, mil Krootuse külas valmis uus koolimaja. 1. septembril 1989 alagas õppetöö Krootuse koolimajas[1][2][4] ja kooli nimeks sai Krootuse 9-klassiline Kool.[1] Alates 1. septembrist 1992 on kooli nimi Krootuse Põhikool.[5]
Mõnedel andmetel on Krootusel tegutsenud kuni 1974. aastani veel üks algkool.[6] Krootuse külakooli hoone on muinsuskaitse all.[7]
