Esmateade mõisa kohta pärineb aastast 1544 (Fyfhusen, hiljem Kawershof). Mõis kuulus perekond Kawerile, kelle järgi sai mõis saksakeelse nime[1]. 1544. aastast oli mõisa omanik toomfoogtPeter Stackelberg, kes pärandas mõisa oma pojale Reinhold Stackelbergile. Poola kuningas (1576–1586) Stefan Batory andis mõisa Tartu kodanikule Berend Mestmannile ja pärast tema surma Ewert Unferfehrtile. 1601. aastal sai Kaagvere mõisa omandiõiguse Christian Allfeldt. Tema järel valdas mõisa Johann Wolter von Plettenberg (suri pärast 1651) ja seejärel tema teener Joachim Simonsson. Viimase valduses oli mõis kuni 1627. aastani.
1815. aastal omandas tema tütar vabaproua Marie Ernestine von Nolcken (1768−1845) Mooste, Luunja ja Kaagvere mõisa. Nolckenite suguvõsa omandusse jäi mõis kuni võõrandamiseni. Viimane omanik enne võõrandamist oli vabahärra Eduard Georg von Nolcken (1875−1941).
Mõisate riigistamise järel anti Kaagvere mõisa hooned 1920. aastal Tartu linnale.
1920. aastal tehti Kaagvere mõisahoonesse emade ja rinnalaste kodu[3], 1926. aastast oli seal Kaagvere lastekodu[4]. 1941. aastal, teine maailmasõda hävis Kaagvere mõisahäärber pommirünnakutes, 1957. aastal ehitati mõisahoone vundamendile uus külgtiibadega maja lastekodule.
1965. aastal hakkas hoonestuses tööle Erikutsekool nr 34, mis andis üldharidust ning õpetas õmblemist ja köögiviljakasvatust käitumishälvetega tüdrukutele[5]. Eesti taasiseseisvumise järel nimetati õppeasutus ümber Kaagvere erikooliks. 2015. aastal moodustati mitme erikooli (sh Kaagvere erikooli) baasil Maarjamaa Hariduskolleegium.[6]
Mõisaansambel
Kaagvere mõisa teenijatemaja
Kaagvere mõisa õllekoda
Kaagvere mõisa valitsejamaja
Kaagvere mõisa kasvuhoone
Mõisa endine kuivati
Kaagvere mõisa piirdemüürid
Kaagvere mõisa aednikumaja
Kaagvere mõisa kelder
Pildid, videod ja helifailid Commonsis: Kaagvere mõis
Maiste, Juhan. Nutt, Nele. Tartumaa mõisad. Näituse "Kaotatud paradiis" kataloog. − Eesti Põllumajandusülikool. Maastikuarhitektuuri eriala toimetised II. Balti villa rustica II. Tartu: 2005. Lk 25-7.
Praust, Valdo. Tartumaa mõisad. Tallinn: Tänapäev, 2008. Lk 104-7.