Habyarimana oli pärit Rwanda põhjaosast. Tema vanemad ei kuulunud mõjuvõimsate isikute hulka, kuid tema abikaasa Agathe Habyarimana oli pärit mõjukast suguvõsast, mis omandas märkimisväärse võimu ka riigivalitsemise juures. Riigi esimene president Grégoire Kayibanda oli seevastu pärit Rwanda keskosast Gitaramast ning soosis oma hõimukaaslasi riigi lõuna- ja keskosast, tekitades sellega vastuolu põhja- ja lõunaosa vahel. 5. juulil 1973 kukutas tollane kaitseminister Habyarimana Põhja-Rwanda ohvitseride toel Grégoire Kayibanda võimult. Habyarimana jäi võimule järgmiseks 21 aastaks.[1]
Ta keelustas parteid ning asutas 1975. aastal erakonna Rahvuslik-Revolutsiooniline Arenguliikumine[2]. Aastal 1978 toimunud rahvahääletusega kehtestati näiliselt demokraatlikult presidentaalne ainuparteil põhinev valitsuskord. Kuni 1991. aastani oli Rahvuslik-Revolutsiooniline Arenguliikumine ainuke legaalne partei, kuhu pidid kuuluma kõik inimesed. Habyarimana kohustas igaüht kandma isikutunnistust, kus oli kirjas tema etniline päritolu ja elukoht. Elukohta ei tohtinud loata vahetada. Tutsid said ametikohti nii riiklikus kui ka erasektoris nende osakaalule vastava kvoodi järgi, hutude ja tutside segaabielusid piirati, piir suleti eksiilis elavatele tutsidele. Aastatel 1983 ja 1988 valiti Habyarimana ainsa kandidaadina presidendi ametisse tagasi. Teda toetas peamiselt riigi põhjaosa.[1]
Juunis 1991 tegi Habyarimana opositsiooni ja lääne üldsuse survel põhiseaduses muudatused, millega lõpetati ainupartei võim. Aprillis 1992 moodustas ta koalitsioonivalitsuse.[1] Aastal 1993. sõlmiti Arusha rahu, millega lõpetati kodusõda, lubati tutsi pagulastel kodumaale tagasi pöörduda ja kohustuti moodustama demokraatlik valitsus.
Üleminekuvalitsus pidi ametisse astuma jaanuaris 1994, kuid osalt hutu äärmuslaste survel ei olnud Habyarimana aprilli alguseks veel valitsust moodustanud. 6. aprillil1994 osales Habyarimana Dar es Salaamis ühepäevasel Aafrika tippkohtumisel. Kuigi ta tavaliselt vältis pimedas lendamist, otsustas ta seekord veel samal hilisõhtul tagasi lennata. Ta pakkus küüti ka Burundi presidendile Cyprien Ntaryamirale. Tema lennuk Falcon oli kingitus president Mitterrandilt ning selle meeskonna moodustasid kolm prantslast. Lennuki pardal oli ka valitsusliikmeid. Umbes kell 20.15 hakkas lennuk Kigali lennuväljale maanduma, kui seda tabas kaks raketti. Kõik lennuki pardal olnud inimesed hukkusid.[1] Presidendi hukkumine vallandas Rwanda genotsiidi.
Jaanuaris 2010 avaldas Rwanda valitsus ametliku uurimisaruande, mille kohaselt mõrvasid Juvénal Habyarimana hutu äärmuslased.