1627. aastal saatis kuningas ta Eestimaale kohalikku kirikuelu reformima. Rudbeckius kavatses Rootsi riigikirikuEestimaa rüütelkonna võimu alt vabastada ning maarahvakeelsemaks teha. Kuid aadlike privileegid jäid peale ning oma jõulisele tegutsemisele vaatamata ei saavutanud piiskop Eestimaal sisuliselt mitte midagi. Ka Rootsi kuningakoda ei suutnud isepäise aadelkonna vastu suurt midagi ette võtta[viide?].
