1994–1996 kuulus ta Venemaa raudtee reformimise valitsuskomisjoni koosseisu. Komisjoni töö lõppes riikliku raudtee-ettevõtte loomisega.
1996 asutati aktsiaselts Severstaltrans (alates 2008 N-trans), kus Levitin 2004. aastani töötas, sealhulgas 1998. aastast peadirektori asetäitjana. Ta vastutas raudteevedude, masinaehituse ja sadamate eest.
9. märtsil2004 määras Venemaa president ta Venemaa transpordi- ja sideministriks. Alates novembrist 2008 on ta aktsiaseltsi Aeroflot direktorite nõukogu esimees. Ta kuulub Ühendatud Lennuehituse korporatsiooni direktorite nõukokku.