Gudeliaid on esimest korda mainitud XVI sajandi alguses. Aastal 1700 ehitati sinna kabel. Asula kuulus Balbieriškisekihelkonda. Aastal 1822 alustas seal tööd kihelkonnakool. Kuni XIX sajandi lõpuni kuulus asula Tyszkiewiczitele, seejärel aga Seftelitele. Aastal 1895 valmis praegune kirik. ja asulast sai kohaliku kihelkonna keskus.
Aastal 1945 hõivasid asula korduvalt Leedu metsavennad, augusti alguses tõrjusid NKVD väed nad sealt neli päeva kestnud lahinguga välja. Nõukogude võimu ajal oli Gudeliai kohaliku kolhoosi keskasula. Asulast sai alev aastal 2002.