1527 valiti ta Zwickau linnafüüsikuks. Zwickau asus Joachimsthali lähedal, mis oli tähtis metallide tootmise keskus.
Samal aastal ta abiellus Chemnitzist pärit Anna Meyneriga ja kolis 1531 Chemnitzisee, kus elas surmani. Ta töötas linnaarstina ja oli aeg-ajalt (1546, 1547, 1551 ja 1553) ka linnapea. Ta ei olnud kordagi kaua linnapea, sest Saksimaa oli tollal protestantismi tähtis keskus, ent Agricola ei varjanud oma katoliiklust.
Teadustöö
Tema tähtsaim töö ilmus postuumselt 1556 ladina keeles ja juba järgmisel aastal tõlgiti see saksa keelde. See 12-osaline raamat võttis kokku kõik, mida tolleks ajaks teati metallide tootmisest. Eriti täpselt kirjeldas ta vase-, hõbeda- ja pliimaakide töötlemist, samuti vismuti tootmist. Ühe raamatu pühendas ta soolade (nitraadid, sulfaadid, kloriidid) saamisele, kirjeldades üksikasjalikult ka keedusoola tootmist. Ta uuris ka klaasi tootmist. Ta selgitas välja, et leegi värvus sõltub põleva aine koostisest.
