Juba varasest east alates kannatas Friedrich Franz astma ja tõsiste hingamisraskuste käes. Ta ei saanud elada Euroopa põhjaosas ja elas hoopis Vahemere ääres, kus pehme kliima tervist soodustas. Tema homoseksuaalsus oli avalik saladus.
Friedrich Franzi surm Cannes'is 10. aprillil 1897 on varjatud saladusega, kuna algul väideti, et ta tegi enesetapu, viskudes üle sillapiirde. Tema surma ametliku kirjelduse kohaselt viibis ta aga oma aias, kui tal tekkisid hingamisraskused ja ta tasakaalu kaotades üle madala piirde kukkus. Tema järglaseks sai tema poeg Friedrich Franz IV, kellest sai viimane Mecklenburg-Schwerini suurhertsog.
