Aguinaldo jäi poliitikast ja ühiskonnaelust kõrvale kuni Jaapani okupatsiooni alguseni 1941. aastal. Sõja ajal tegi ta koostööd jaapanlastega ja kuulus aastatel 1942–1944 okupatsioonivõimude poolt kontrollitava Filipiinide Riiginõukogu koosseisu.
Pärast sõda tõmbus ta taas poliitikast tagasi, kuid nägi ära iseseisva (teise ja rahvusvaheliselt tunnustatud) Filipiini Vabariigi väljakuulutamise 4. juulil1946. Kui 1962 kuulutati Filipiinide ametlikuks iseseisvuspäevaks 12. juuni, siis osales 93-aastane Aguinaldo uue iseseisvuspäeva esimesel paraadil Manilas ja kandis Filipiinide lippu.