Töötas aastaid Tartu Õpetajate Seminaris, kus oli ühtlasi ka direktori asetäitja (1920–1937). Ta oli Tartu Ülikooli didaktilis-metoodilise seminari juht (1933–1937), 1937. aastast Läänemaa koolide inspektor, koolinõunik, 1947. aastast vanemõpetaja ja asedirektor Tartu õpetajate instituudis ning vanemõpetaja Tartu Ülikoolis.
Püsiva osa E. Jaanvärgi elutööst moodustavad õpikud ja metoodilis-pedagoogiline uurimistöö peamiselt saksa, vene ja teiste võõrkeelte alal. Talle kuulus Tartus kirjastus Kool (1926–1940), mis oli spetsialiseerunud õpikute ja õppematerjalide väljaandmisele eri keeltes.
