1957. aastal sai Väärist dotsent, 1980. aastal professor ning 1993. aastal emeriitprofessor. õpetamist jätkas ta 1997. aasta kevadeni. 1976–1978 oli ta Helsingi ülikoolis eesti keele lektor. 1990. aastast oli ta EPMÜ keeltekeskuse õppejõud.[1]
Tartu Ülikoolis õpetas Vääri sissejuhatust keeleteadusse, üldkeeleteadust, liivi ja vadja keelt, soome-ugri keelte ajaloolist grammatikat ning soome kirjandust. Aastaid juhendas ta pedagoogilist praktikat ning käis igal aastal keeleuurimisretkedel liivlaste juures. Vääri peamised uurimisalad olid läänemeresoome keeled, keeleteaduslikud ja metoodilised probleemid, keeleteaduse ajalugu ning Tartu ülikooli ajalugu.[1]
Eduard Vääri avaldas üle 200 uurimuse liivi keelest. Ta koostas ka eesti keele õpiku soomlastele ja "Eesti keele õpiku keskkoolile", millest on ilmunud kümneid kordustrükke. [1] Samuti kirjutas ta eesti keele ja selle õpetamise metoodikast.[viide?] Koos Johannes Silveti ja Richard Kleisiga oli ta üks "Võõrsõnade leksikoni" autoritest.[viide?]
