Arvatavasti rajasid asula Baieri Idamarki kolonistid Ostsiedlungi käigus. Wagramit mainiti esmakordselt 1258. aasta kümniseregistris, mis koostati siis, kui Böömimaa kuningas Otakar II valitses Austria hertsogkonna üle. See sai nime praeguseks mudastunud Doonau jõekääru järgi, kus lained (saksa: Wogen) vastu kallast põrkasid (Rain). 1560. aastal sai see eesliite Deutsch-, et eristada seda Kroatisch-Wagramist (tänapäeval Eckartsau osa), külast, mille asutasid horvaadi asunikud Osmanite 1529. aasta Viini piiramise käigus.
Rahvaarv tõusis pärast seda, kui piirkond ühendati Austria pealinnaga Kaiser Ferdinands-Nordbahni (tänapäeval Austria Nordbahn) avamisega 1837. aastal. Endine küla ülendati 1929. aastal turulinnaks ja sai 1984. aastal linnaõiguse. Tulirelvafirma Glock asutati seal 1963. aastal.
