Ta tuli võimule pärast 1987. aasta riigipööret ning valiti presidendiks 1991. aastal. 1998., 2005. ja 2010. aastal valiti ta ametisse tagasi.
Oktoobris 2014 püüdis Burkina Faso valitsus muuta seadust, mis ei oleks lubanud Compaorél enam 2015. aastal presidendiks kandideerida. Valitsuse kava kindlustada talle veel üks ametiaeg vallandas pealinnas Ouagadougous massilised rahvarahutused. Kuigi president saatis 30. oktoobril2014 valitsuse laiali ja kehtestas erakorralise seisukorra, ei suutnud see rahutusi peatada ning järgmisel päeval astus Compaoré ametist tagasi.