Ülikooli asutas 1776. aastal keisrinna Maria Teresia. 1872. aastal sai sellest Rumeenia suurim ungarinkeelne ülikool. 1919 muudeti õppekeel rumeenia keeleks ja ungarikeelne õpetus koliti mujale. 1959. aastast on ülikool olnud kakskeelne. See on nime saanud matemaatiku János Bolyai ja arstiteadlase Victor Babeși järgi.
Ülikoolis on 21 teaduskonda, umbes 1700 õppejõudu ja 50 000 üliõpilast.[2]
