Ta ei olnud europarlamendis ametiaja lõpuni. 31. oktoobrist2005 9. maini 2006 oli ta Poola riigisekretär. Poola president Lech Kaczyński määras ta 9. mail2006Stefan Melleri asemele Poola välisministriks. Fotyga seisukohad välispoliitikas langesid kokku Õiguse ja Õigluse põhimõtetega. Need tulenesid kontseptsioonist, et Poola on tugev ja sõltumatu riik, mis on vajaduse korral valmis vastu astuma Saksamaale või Venemaale. Ta jätkas ka USA-meelset poliitikat. Vasakpoolne opositsioon kritiseeris tema ministeeriumi isolatsionistliku poliitika eest suhetes Saksamaa ja Venemaaga.
2007. aasta juunis hakkas Kodanikeplatvorm ette valmistama umbusaldushääletust Fotyga suhtes. Selle vältimiseks vabastasid president ja peaminister, kaksikvennad Lech ja Jarosław Kaczyński Fotyga 7. septembril 2007 ametist, aga määrasid ta juba samal päeval välisministriks tagasi. Kuid pärast Jarosław Kaczyński valitsuse langemist 15. novembril 2007 sai Poola uueks välisministriks Radosław Sikorski.