Anhalt-Kötheni vürstkond on esinenud kahel korral. Esimene riik loodi aastal 1396, kui Anhalt-Zerbst jagunes Anhalt-Dessauks ja Anhalt-Kötheniks. Esimene riik kestis aastani 1552, kui selle päris Anhalt-Dessau.
Teist korda loodi riik aastal 1603, kui taas kord jagunes Anhalt-Zerbst. Seoses vürst August Ludwigi surmaga aastal 1774 vürstkond jagunes, loodi uus riik Anhalt-Pleß.
1806. aastal sai Anhalt-Köthen hertsogkonnaks. Seoses hertsog Heinrichi surmaga 1847. aastal hääbus Anhalt-Kötheni liin ja riigi päris Anhalt-Dessau hertsog.