Fujimori saavutas oma populaarsuse terrorirühmituse Särav Tee alistamisega. Samuti sai ta üle majanduskaosest ja vabastas kümned pantvangid, kelle oli LimaJaapani saatkonnas võtnud indiaanlaste sissirühmitus Túpac Amaru.
Terrorirühmitus Särav Tee, mida juhtis maoistliku filosoofia professor Abimael Guzmán, oli tõenäoliselt Ladina-Ameerika ajaloo kõige jõhkram. Andides asuvate linnade väljakutel võeti inimestel matšeetedega päid maha, korraldati pealinnas pommiplahvatusi ja tapeti ajakirjanikke.
Kuid korruptsiooniskandaal, millega oli seotud Fujimori luureülem Vladimiro Montesinos, kukutas Fujimori valitsuse 2000. aastal. Fujimori põgenes Jaapanisse, mis on tema vanemate sünnimaa. Hiljem arreteeriti ta Tšiilis ja anti välja Peruule.
2009. aasta 7. juulil mõistis kolmest kohtunikust koosnev kolleegium Fujimori süüdi käsu andmises sõjaväelastest koosnevale surmakomandole, mis tappis aastatel 1990–2000 25 inimest. Alberto Fujimori mõisteti süüdi inimõiguste rikkumise eest ja talle määrati 25-aastane vanglakaristus.
See on esimene kord, kui Ladina-Ameerika riigipea on selliste kuritegude eest omal maal süüdi mõistetud. Fujimori võitles tol ajal kommunistidestgeriljade vastu. 20 aastat kestnud konflikti käigus hukkus Peruus 70 000 inimest.
