Fain töötas Konsulaadi ajal riigisekretär Hugues-Bernard Maret alluvuses arhivistina. 1806. aastal nimetati keiser Napoleoni kabineti sekretäriks ja arhivistiks. Keisri kaaskonna koosseisus võttis osa sõjakäikudest.
1809. aastal sai Fain keisrilt paruni tiitli (baron de l'Empire).
1813. aastal nimetati Fain Claude François de Ménevali asemel Napoleoni isiklikuks sekretäriks. Selles ametis oli kuni Napoleoni troonist loobumiseni aprillis 1814. Saja päeva ajal oli taas Napoleoni teenistuses.