Ta alustas klubikarjääri FK Partizanis, mille meeskonnas debüteeris ta Serbia kõrgliigas hooajal 2008–09, tulles samal hooajal klubiga Serbia meistriks.
2010. aasta jaanuaris sõlmis ta viieaastase lepingu Itaalia kõrgliiga klubiga Fiorentina. 2013. aasta augustis siirdus ta 11 miljoni euro eest AS Romasse. Hooajal 2015–16 mängis ta Romast laenul Milano Internazionales.
2016. aasta juulis sõlmis Ljajić lepingu Torinoga.
2018. aasta augustis läks ta Torinost laenule Beşiktaşesse, kellega sõlmis järgmise aasta mais püsiva lepingu.