El club fue creado 10 de septiembre de 1945 como OMTUR Lubin. Se llamó Międzyzakładowy Klub Sportowy "Zagłębie" Lubin de 1998.
El Zagłębie jugó su primera temporada en la primera división polaca en 1985-86. Fue a la segunda división dos años después, pero volvió en 1990 y en la temporada 1990-91 ganó su primer campeonato de Polonia con Stanisław Świerk como el entrenador (de a 12 a la última jornada). En 2002 el Zagłębie descendió a la segunda división una vez más para una temporada.
En 2006 ganó el tercer puesto en la liga y en 2007 su segundo campeonato de Polonia. También jugó dos veces en el final de la Copa de Polonia (en 2005 y 2006).
El 9 de mayo de 2007 el expresidente del Zagłębie fue arrestado por la sospecha de que tomó parte en el escándalo por amaño de partidos y cuando un tribunal declaró el club culpable, el Zagłębie fue castigado con el descenso a la segunda división.
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