Yerko Núñez también fue el alcalde de Rurrenabaque en tres ocasiones; la primera vez desde el año 2000 hasta 2003, la segunda vez desde 2005 hasta 2010 y la tercera vez desde 2010 hasta 2014 (reelecto esta última).
Desde 2007 hasta 2012, Núñez se desempeñó en el cargo de Presidente del Consejo Directivo de la Asociación de Municipalidades del Beni (AMDEBENI). En este lapso, ocupó también el cargo de Secretario del Consejo Autonómico del Beni.[9][8]
Alcalde de Rurrenabaque (2000-2003)
Yerko Núñez ingresó muy tempranamente a la vida política del país, cuando era un joven de 26 años de edad. En 1999 participó como candidato a alcalde de Rurrenabaque en las elecciones municipales de ese año en representación del partido políticoMovimiento Nacionalista Revolucionario (MNR). Núñez ganó dichas elecciones, con el apoyo del 27,8 % del electotado. Fue el alcalde más joven de Bolivia durante aquella época. Ocupó el cargo de edil desde el año 2000 hasta 2003, cuando pasó a ocupar la Dirección Nacional de Participación Popular.[10]
Alcalde Rurrenabaque (2005-2010)
Yerko Núñez se presentó como candidato al cargo de alcalde en las elecciones municipales de 2004, nuevamente en representación del MNR. Resultó ganador con el 35% de los votos. Ejerció el cargo de alcalde de Rurrenabaque durante el periodo 2005-2010.[10]
Alcalde Rurrenabaque (2010-2015)
Finalizado el período anterior, Yerko Núñez se postuló a su reelección dentro de la agrupación políticaPrimero el Beni (PB), entonces liderada a nivel departamental por Ernesto Suárez Sattori. Como representante de dicha agrupación, Nuñez obtuvo el 44,6% de los votos, lo que le permitía continuar en el cargo de alcalde durante el período 2010-2015.[7]
Núñez se postuló como senador por el Departamento del Beni en representación de la alianza política Unidad Demócrata (UD) junto con Jeanine Áñez que buscaba su reelección.[7]. En las elecciones de 2014 resultó elegido como primer senador titular y Jeanine Áñez como segunda senadora titular por el distrito.[11]
En 2015 fue designado para formar parte de la Comisión de Justicia Plural, Ministerio Público y Defensa Legal del Estado en el cargo de Secretario del Comité de Ministerio Público y Defensa Legal del Estado.[12]
En 2016 Yerko Núñez accedió al cargo de segundo vicepresidente de la Cámara de Senadores de Bolivia.[13]
En 2017 y 2018 formó parte de la Comisión de Tierra y Territorio, Recursos Naturales y Medio Ambiente del Senado, con el cargo de secretario del Comité de Medio Ambiente, Biodiversidad, Amazonía, Áreas Protegidas y Cambio Climático.[14][15]
En 2019 Yerko Núñez pasó a formar parte de la Comisión de comisión de Constitución, en el cargo de secretario del secretario del Comité de Sistema Electoral.[16]
Ministro de Obras Públicas, Servicios y Vivienda de Bolivia (2019)
El 13 de noviembre de 2019, la Presidenta de Bolivia Jeanine Áñez Chávez posesionó a Yerko Núñez en el cargo de ministro de Obras Públicas, Servicios y Vivienda en reemplazo del administrador de empresascochabambinoOscar Coca Antezana. Núñez ocupó ese cargo durante 20 días, y fue reemplazado por Iván Arias Durán.[6]
El 3 de diciembre de 2019, Yerko Núñez fue designado ministro de la Presidencia en reemplazo del abogadocruceñoJerjes Justiniano Atalá, quien fue destituido de su cargo.[3] Ejerció sus funciones hasta el 6 de noviembre de 2020, cuando renunció a su cargo en el marco de la transición previa al inicio de la gestión del presidente constitucional Luis Arce Catacora.[17]