La Superliga de Eslovaquia 1998/99 fue la sexta edición de la Superliga eslovaca de fútbol. Participaron 16 equipos, y el Slovan Bratislava ganó su cuarto campeonato. El goleador fue Martin Fabuš, del Ozeta Dukla Trenčín.
Tabla de posiciones
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; Pts = Puntos
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