Sin embargo, su mandato no estuvo exento de polémicas. Marqués y parte de su Gobierno tenían grandes diferencias de criterio con los dirigentes regionales y nacionales del PP (especialmente con Francisco Álvarez-Cascos, que tenía una visión centralista del partido, y Gabino de Lorenzo, alcalde de Oviedo crítico con su gestión).[2] Sergio Marqués decidió romper las relaciones con su partido, y el 2 de diciembre de 1998 fundó la Unión Renovadora Asturiana (URAS), partido de corte regionalista que giraba en torno a su persona y que estaba formado casi exclusivamente por los desencantados con el Partido Popular. Continuó adelante con su gobierno aunque con sustanciales cambios de consejeros afines a él en el Consejo de Gobierno y en minoría parlamentaria, puesto que sólo contaba con el apoyo de cuatro diputados del Grupo Mixto (todos exmiembros del PP).[2] En marzo de 1999 el PP presenta una moción de censura contra Marqués, que es rechazada por la abstención de gran parte de los miembros de la Junta General.[2]
Fotografiado en 2007 en una reunión de URAS-PAS con UCE
Muchos de los dirigentes del PP, que en principio había apoyado las tesis de Marqués y habían dejado el Partido Popular de Asturias para integrarse en URAS, fueron abandonando el nuevo partido poco a poco, y en las elecciones autonómicas y municipales de 2003 regresaron a las filas populares. Marqués encabezó de nuevo la candidatura de URAS a la Junta General, pero esta vez no obtuvo ningún escaño. Marqués fue diputado en las legislaturas II, III, IV y V de la Junta General (1987-2003).[1]
El 24 de noviembre de 2007 le sustituye en la presidencia del URAS Javier López Alfonso.[3]
Sergio Marqués falleció el 8 de mayo de 2012 en su ciudad natal, tras sufrir un infarto del que no pudo recuperarse.[5] Estuvo casado con Elena Prendes y su hijo, Sergio Marqués Prendes, fundó el think tankneoliberalEl Club de los Viernes.[6]
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